Na época 1998/99 os clubes do Distrito de Portalegre presentes nos Campeonatos Nacionais de Futebol foram:
1ª Divisão
- Sporting Clube Campomaiorense - 13ºClassificado
2ª Divisão "B"
- Sport Clube Estrela de Portalegre - Zona Centro - 15ºClassificado
- "O Elvas" Clube Alentejano de Desportos - Zona Centro - 18ºClassificado
3ª Divisão
- Grupo Desportivo Portalegrense - Série D - 16ºClassificado
